假如要饲养热带珊瑚礁鱼类和无脊椎动物，不用说就是要将水族箱的温度保持在天然热带海水的温度范围内，也就是在25—27℃间，珊瑚会在此温度范围内的环境中生长得最好。当温度低于20 ℃，或超过30℃时，钙珊瑚就会停止合成钙质（形成之后就马上破坏）。一旦温度超出15—32℃的范围之外，大多数珊瑚都会死亡。因此，海水水族箱的加热必须特别谨慎，否则可能会造成意外，因为海水的高导电性，可能会使加热器中的电流几乎完全传导入水中，对水族箱中的每一个角落都会产生严重的影响。
适宜的照明
适宜的照明是指能够确保与无脊椎动物共生的单细胞虫黄藻继续生存和繁殖的光线。在自然珊瑚礁生态环境中光线相当的强，所以很难模仿。然而，使用金属卤素灯，也就是“HQI聚光灯”，可以使水族箱的水面照度达到80000lux。这样的强度足以让水族箱的水面下60cm处的无脊椎动物中的单细胞虫黄藻进行新陈代谢，且在这样的光照之下，珊瑚的钙质才能够顺利地合成，因而珊瑚也就能继续地生长。
当然，也有一些生物会躲避强光，因此必须在水族箱中设立一个遮荫的区域，例如在两个照明灯之间。
安全稳定的水质
最关心的就是稳定的盐分组成。一个含有无脊椎动物的海水水族箱最好是将盐含量维持在比重1.022—1.023之间。特别要注意的是:测定是的温度必须在25oC之下进行。目前最先进的盐份含量测定设备是测量海水的导电度计（conductivity meter）。标准海水的导电度值应该介于47—51ms/cm。安全水质的测量毫无疑问地也应包括适宜的碳酸盐硬度（carbonate hardness），它应该维持在7o到9odH之间。此外，其他有助于维持水质的条件，例如:铁含量（iron content）必须是0.1mg/l，还有硝酸盐（nitrate）及二氧化碳（carbon dioxide）等的含量也都应加以注意。
维持无脊椎动物的功能
单细胞虫黄藻对于无脊椎动物的新陈代谢十分重要，籍着它们的帮助，水族箱内的营养盐含量才能保持在一定的范围内。例如:海水中的铁含量便是具有决定性的因素，在自然海域中都显示海水的铁含量为0.1mg/l。功能的维持也包括利用加入二氧化碳的方法来维持恒定的酸碱值（pH）范围，而单细胞虫黄藻也可以吸收大量的二氧化碳，进而分解硝酸盐成氨基酸等物质。这些共生藻所合成的产物包括糖、以及氨基酸，这些物质可供给寄主（活珊瑚）所吸收，也可作为它们本身组织系统的一部分。而且这些单细胞虫黄藻偶尔也会吸收海水中的磷酸盐与其共生活珊瑚寄主的含氮物质之代谢产物。
生物和化学过滤作用
生物过滤作用是指以生物力量，特别是细菌，来进行过滤的作用。由于这种作用十分成功，而且运作方法非常巧妙，所以已经有愈来愈多的水族箱开始使用滴流式过滤器，其中，生物过滤球具有许多优点。这种滴流式过滤器有两项最重要的功能：
1、去除过多的有机物质；
2、由于表面区域十分广大，所以它能够增加水族箱的含氧量。
化学过滤作用是指利用活性碳（activated charcoal）来过滤。活性碳的主要工作是去除物质以及阻碍水族箱中水循环的。
强有力的水流运动
强有力的水流运动主要是使水族箱中的每一个地方，如角落、裂缝、洞穴以及石珊瑚周围的水都能够不停的更换。无脊椎动物上的单细胞虫黄藻之代谢产物会因水流的带动而同时被清除，而有机物质（浮游生物、硝酸盐和其他化合物）也会因受压力的作用被送到动物栖息附近，使它们更容易摄食。在自然状况下，水流会6小时流向同一方向，接着6小时向另一方向流动，如此可以避免沉淀作用。
活珊瑚
活珊瑚的重要性再三强调也不为过，因为只有“活”的石头才能使水族箱中一个人工的生物圈转变为自然的生物圈。只要让活珊瑚有一些启动的时间，无数的藻类和动物都将会重新生长、发展，使得小型珊瑚礁生态再度变成独立完整的生物圈。设置和维护活珊瑚是成功地维护海水水族箱的最重要因素。
无脊椎动物和鱼类的平衡生态
由于水族箱的空间有限，所以当加入动物时必须注意到它们是否和平相处。例如:海胆和海星等。还有一些以珊瑚为食的鱼类，如会咬食珊瑚的蝶鱼或鹦鹉鱼，此外还有一些鱼类专门捕食管虫的鱼类，也应尽量避免。
无脊椎动物和鱼类的自然食物
“自然”是指整个水族箱都在自然状况之下。但我们无法提供那些自然出现在珊瑚礁上的天然食物给水族箱中的鱼类和无脊椎动物食用，而一般优良的鱼类食物范围，可从均衡的人工干燥饲料到冷冻的糠虾幼虾，也可从海水中的小虾到某些海洋鱼类所剥取的肉。在喂食鱼类的时候，许多碎片会被珊瑚、甲壳动物和其他无脊椎动物吃掉。大致上来说，珊瑚是最容易喂食的，在含有无脊椎动物和活珊瑚的水族箱中，鱼类会被定时地喂食，因此会自然地产生许多浮游生物，使得无脊椎动物可以获得充分的养分。
控制
必须要持续地控制水质的稳定。仅仅测量温度、比重、pH、碳酸盐硬度和铁含量是不够的，还要测量硝酸盐的含量，使我们的小珊瑚礁能够确保安全。