金鱼有它自己的学名，是世界著名分类学家林萘（Linne）定的。林萘的名著《自然系统》（1758年），鲫鱼这个种的模式标本就是金鱼。因为指明尾鳍是三叉的和双尾的；林萘着《Faunasuecia》（1745年），书中鲫鱼图也是双尾金鱼，林萘认为这是正常鲫鱼。林萘更早的文章——瑞典皇家科学院（1740年）第一期中，是用金鱼标本描述的Caraassiusauratus（Cyprinusauratus）。所以，Carassiusauratus是金鱼学名。因为先有了金鱼的学名，那么野生种类的Carassiusauratus是什么鱼呢？鱼类学家公认是分布在中国各地的鲫鱼，因此金鱼和鲫鱼学名相同。

金鱼的学名除Carassiusauratus外，有的学者如Kammerer还记述了许多金鱼品种的学名：

Carassiusauratusvar.Japonicusbicaudatus双尾草金鱼

Carassiusauratusvar.Japonicussimplex单尾草金鱼

Carassiusauratusvar.oviformis蛋鱼

Carassiusauratusvar.macrophthalmus龙睛

Carassiusauratusvar.uranoscopus望天眼

上述几个品种金鱼的学名并没有被生物学家普遍采用，但是Carassiusauratus两个字合成的学名是全世界普遍采用的。