孔雀鱼体延长，雌雄鱼的体型和色彩差别较大，雄鱼身体瘦小，体长3-4厘米，雌鱼体长6厘米，其尾柄及尾鳍占全身的1/3以上，各鳍均较雄鱼的短。前部略呈楔状，后部侧扁。雌鱼的腹部膨大圆突。头部中大，吻部短小。眼大，侧位；眼间区及吻背颇为平直。口小，斜裂，下位；口裂远不及眼前缘的下方。体被有大型的圆鳞；纵列鳞26-28；背前鳞11-13。雄鱼背鳍鳍条常会延长，雌鱼则小而圆，背鳍软条数7-8；雄鱼的臀鳍第3、4、5鳍条特化而成一延长的交接器，交接器仅略长于腹鳍长，雌鱼则正常的扇形，起点在背鳍起点略前，鳍条数8-9；胸鳍鳍条数13-14；腹鳍腹位，鳍条数5；雄鱼尾鳍外形变异很大，随品系而有不同；雌鱼则大多呈长圆形。