七彩神仙生存于辽阔的世界第一大河域亚马逊水系中，也就由于栖息地的分布辐员广大，以致有许多地域异种很难去分类，况且又有些新鱼种不断地被发现，虽然有些专家都想为七彩神仙建立一个分类标准，然而截至目前为止，对于野生七彩神仙还只停留于多年来通用的两种、5个亚种分类法。

七彩神仙是于1840年当维也纳自然历史博物馆的鱼类兼分类学家约翰‧贾可巴‧黑格尔(Johann Jacob Heckel)，为奥地利约翰‧奈特尔(Johann Natterer)在南美探险18年中所搜集，包含1700种鱼类的五万多种动物标本分类时头一次被正式定名为Symphysodon discus的鱼类。这就是后来所称的黑格尔七彩神仙。

到了1904年时，法国的分类学者派勒格林(Jacques Pellegrin)指出泰飞以及圣塔伦产七彩神仙(未带有黑格尔暗带)与黑格尔七彩神仙（带有黑格尔暗带）大为不同的事实。在数年后，美国艾根曼(Carl H. Eigenmann)先生即将其以Symphysodon discus aequifasciatus之名记戴为黑格尔七彩的亚种，但到了1960年分类学者舒尔滋（Harald Schultz）先生，却将此亚种正式更正为另一种Symphysodon aeguifasciata，而在此品种内新加了2个亚种，使此品种包含了绿七彩、蓝七彩以及棕七彩的三亚种。

再到了1981年巴盖斯(Warren E. Burgess)先生又自黑格尔七彩分离出另一亚种-威立史瓦滋黑格尔七彩，而形成了现在通用的下列2种5亚种分类法。

种一、 Symphysodon discus种

亚种：黑格尔七彩神仙(Symphysodon discus HECKEL 1840)
亚种：威立史瓦滋黑格尔七彩神仙(Symphysodon discus Willischwartzi BURGESS 1981)

种二、 Symphysodon aeguifasciatus种

亚种：绿七彩神仙(Symphysodon aequifasciatus aequifasciatus PELLEGRIN 1904)
亚种：蓝七彩神仙(Symphysodon aequifasciatus haraldi SCHULTZ 1960)
亚种：棕七彩神仙(Symphysodon aequifasciatus axelrodi SCHULTZ 1960)

其后随着时代的进步，渐渐深入到各地区采取的结果，各亚种都有地域性不同表现的新鱼出现，所以现在虽都还通用上述各亚种名称，但常常在亚种名称加上地域名称于新发现鱼种上，如伊撒红、果亚利绿等，以突显其特异性。