一年四季，水族箱的水温变化较大，而不同的水温对药物的作用效果有相当大的影响。通常鱼缸中的水温越高，药效发挥得越好。但要注意，水温升高，使用药物的剂量就要减小，否则会引起中毒现象。同时，水温过高金鱼、锦鲤也无法忍受。如用硫酸铜治疗金鱼的口丝虫病，夏季只需0.5毫克/升浓度，而冬季则需要1.4毫克/升浓度，否则会影响药物疗效。 再如冬季给鱼儿消毒，通常采用10毫克/升浓度的漂白粉，时间20分钟，此浓度若是在夏季，则会产生药害。也有资料介绍，在低温环境下，不少的药物之疗效极差，因此，应选择其他类药物来代替，有条件的，可适当提高水温来提高疗效。