箱外过滤器是指设立在水族箱外的、具有一种容水量的封闭式和开放式过滤器，主要应用于中小型水族馆中。

封闭式箱外过滤器的工作原理是将箱中的水通过水面平衡管道自动流入箱外过滤器中，再用一台机械泵将过滤后的水重新注入箱中，完成水的循环过滤。

开放式箱外过滤器的主体是一个长方形的生化过滤箱，水族箱中的水注入过滤箱内，并通过滤材而渗透出来，再用过滤箱内的机械泵返回水族箱（如下图）。生化过滤箱是一个长1.5米、宽1米、高1.3米的长方形立体箱，其材料是无毒性的聚乙烯塑料，厚度一般在2cm以上，质地坚实牢固。按照设计尺寸将塑料板切割成形，制作出过滤箱的四壁。然后用焊枪产生的200度高温，利用塑料焊条将塑料板粘合在一起，构成长方形的过滤箱。过滤箱内部再分隔成几个小室，分别放置几种不同性能的过滤材料。

生化过滤箱内部分为粗过滤室、细过滤室、生化滤材过滤室和蓄水室。其中粗过滤室中主要放置以睛纶棉、海棉、人工纤维、人工海藻等主为的过滤材料，它是作用是将水中大颗粒物质滤除；细过滤室内主要放置以碎石、珊瑚石、活性炭等为主的过滤材料，功能是将水中小颗粒物质、金属离子等滤去；生化滤材过滤室主要放置生物球，功能是吸附水中的有益菌体硝化细菌，利用硝化细菌将水中有害的氧、氮化合物、硝酸盐、亚硝酸盐等转化为无害的氮，达到深层次净化水质的上的；畜水室是将过滤后的水质贮存，再用机械泵抽出返回到水族箱中，这就是水质的循环过滤过程。由于水族箱中的水在生化过滤箱中层层过滤，其水质较清流澈透明，保持时间较长。