底滤的底缸通常放置众多的生化滤材及滤棉，但并不是放置的生化滤材多硝化菌就多。硝化菌与鱼便的多少是相对应的，生化滤材只是提供硝化菌附生的面积，并不决定硝化菌数量的多少。就如并不是盖好的房子都有人住，也要有吃的东西人才能在这房子里生存。底缸硝化菌最多、最丰富的地方是在那几块滤棉上，因为那滤棉首先接触到鱼便或是被鱼便污染的水，那几块滤棉其实也就是鱼缸最有效的硝化系统，清洗那几块滤棉也就等于清洗了鱼缸的整个硝化系统。